Phòng thí nghiệm hóa dược được hình thành năm 2008 trên cơ sở định hướng phát triển chiến lược ngành Hóa dược của đất nước. Là bộ môn mới thành lập, Bộ môn có đội ngũ giảng viên, nghiên cứu viên có trình độ và được đào tạo bài bản, gồm có: 1 phó giáo sư, 2 tiến sĩ, 2 thạc sĩ , 2 cử nhân. Trong công tác đào tào, Phòng thí nghiệm hóa dược tiến hành đào tạo ngành Hóa dược và các hệ hợp tác quốc tế. Trong hoạt đông nghiên cứu, PTN tập trung trên các hướng: hóa dược, Hóa học các hợp chất tự nhiên, hóa sinh