Bộ môn Động vật không xương sống được thành lập năm 1961.
Đến năm 2017, để đáp ứng xu thế phát triển khoa học cũng như đòi hỏi thực tiễn, Bộ môn được đổi tên thành Động vật học ứng dụng.
Hiện tại bộ môn có 04 giảng viên và 01 nghiên cứu viên, trong đó có 02 PGS.TS, 02 TS. và 01 ThS (đang làm NCS).
Các hướng nghiên cứu chính:
+ Hệ thống phân loại học của một số nhóm động vật không xương sống, đặc biệt là các nhóm côn trùng, giáp xác, thân mềm.
+ Đa dạng sinh học động vật không xương sống ở trên cạn, ở các thuỷ vực nội địa và biển, phục vụ công tác bảo tồn và quản lý tài nguyên sinh vật.
+ Nghiên cứu phát triển và ứng dụng các biện pháp phòng trừ các loài sinh vật gây hại trong nông nghiệp, lâm nghiệp, thủy sản y học, thú y, sức khoẻ cộng đồng.
+ Nghiên cứu xây dựng quy trình khai thác, nhân nuôi nhằm bảo tồn và phát triển hợp lý các loài có giá trị làm thức ăn và các loài có hoạt tính sinh học.
+ Nghiên cứu sử dụng một số nhóm động vật (ở nước và ở cạn) làm sinh vật chỉ thị chất lượng môi trường. Trên cơ sở các nghiên cứu cơ bản về thành phần, phân bố các nhóm động vật ở các hệ sinh thái sẽ phát triển để xây dựng cơ sở dữ liệu và các bộ tiêu chí, đánh giá chất lượng môi trường, hỗ trợ trong thực tiễn bảo vệ môi trường và đa dạng sinh học.
+ Nghiên cứu đặc điểm sinh học, sinh thái học của các loài sinh vật ngoại lai xâm hại và biện pháp ngăn chặn, kiểm soát chúng.